- Ordre national du Québec (Chevalier) (2022).
- Lauréat: Mildred A. Schwartz Lifetime Achievement Award, American Political Science Association (2020).
- Ordre du Canada (Officier) (2019).
- Lauréat, Prix d’excellence en enseignement de la Société québécoise de science politique (2019).
- Sélection finale, Prix Impacts, Catégorie Savoir, Conseil de recherches en sciences humaines du Canada (2019).
- Insigne de Chevalier de l’Ordre de la Pléiade (2018) – Ordre de la Francophonie et du Dialogue des cultures, Assemblée parlementaire de la Francophonie.
- Finaliste (2018) Prix Savoir du Conseil de recherches en sciences humaines du Canada (CRSH).
- Président (2017-2019) Académie des sciences sociales, Société royale du Canada.
- Lauréat (2017) Chaire de recherche sur le Québec contemporain à la Sorbonne Nouvelle – Paris 3.
-
Renouvellement (2017) Titulaire de la Chaire de recherche du Canada en études québécoises et canadiennes, 2017-2024 (mandat 3).
- Prix international (2016) du Gouverneur général en études canadiennes.
- Président élu (2016) Académie des sciences sociales, Société royale du Canada.
- Vice-Président (2016) International Association of Centers of Federal Studies (IACFS).
- Finaliste (2015) Prix Savoir du Conseil de recherches en sciences humaines du Canada (CRSH).
- Finaliste (2014) Prix Savoir du Conseil de recherches en sciences humaines du Canada (CRSH).
- Finaliste (2012) Prix Donald-Smiley pour l’ouvrage L’Âge des incertitudes : essais sur le fédéralisme et la diversité nationale.
- Prix canadien de l’édition au Japon (2011) Conseil international d’études canadiennes. Ce prix vise à accroître le nombre de publications portant sur le Canada en langue japonaise.
- Élu directeur (2010) Division II de l’Académie des sciences sociales de la SRC.
-
Renouvellement (2010) Titulaire de la Chaire de recherche du Canada en études québécoises et canadiennes, 2010-2017 (mandat 2).
- Lauréat (2010) Prix Trudeau 2010-2013.
- Lauréat (2010) Chaire d’excellence Santander de l’Université Carlos III de Madrid.
- Finaliste (2009) au Prix Donald-Smiley pour l’ouvrage La raison du plus fort.
- Élu membre (2008) Académie des arts, des lettres et des sciences (Académie II), SRC.
- Lauréat (2008) Prix d’excellence de la Société québécoise de science politique (SQSP), soulignant une contribution exceptionnelle à l’avancement de la science politique.
- Finaliste (2008) au Premi internacional Ramon Llull, Fundacio de Cultura catalana, Espagne.
- Lauréat (2007) Prix Marcel Vincent de l’Association francophone pour le savoir (ACFAS) couronnant les travaux d’une personne œuvrant dans le domaine des sciences sociales.
- Lauréat (2006) Josep Maria Vilaseca i Marcet Award pour l’ouvrage Au-delà de la nation unificatrice : plaidoyer pour le fédéralisme multinational.
- Lauréat (2005) Prix Reconnaissance Université du Québec à Rimouski.
- Finaliste (2005) au Premi internacional Ramon Llull de la Fundacio de Cultura catalana, Espagne.
- Titulaire (2003-2010), Chaire de recherche du Canada en études québécoises et canadiennes (mandat 1).